Sesuai perkembangan organisasi karantina pertanian di Indonesia, berawal dari Pusat Karantina Pertanian menjadi Badan Karantina Pertanian, maka dipandang perlu penguatan pada pengujian media pembawa karantina pertanian yang dapat dipertanggung jawabkan secara ilmiah (scientific justified). Maka pada tahun 2002 mulailah dibangun laboratorium karantina tumbuhan yang berlokasi di Jalan Pemuda No. 64 Kav 16-17 Rawamangun Jakarta Timur melalui Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 500/Kpts/OT.210/8/2002 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan, yang memiliki Tugas dan fungsi melaksanaan pengujian laboratorium karantina tumbuhan. Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan merupakan salah satu unit pelaksana teknis yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Karantina Pertanian Departemen Pertanian baik secara tekhnis maupun administrasi.
Secara umum Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan memiliki tugas melaksanakan uji rujukan media pembawa organisme penggaggu tumbuhan karantina (OPTK) tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan serta bimbingan teknik penerapan sistem mutu laboratorium karantina tumbuhan, tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan.
Dalam melaksanakan tugasnya Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan menyelenggarakan fungsi:
- Pelaksanaan uji rujukan atas hasil uji laboratorium karantina tumbuhan tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan;
- Pelaksanaan validasi metode uji karantina tumbuhan tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan;
- Pelaksanaan uji profesiensi dan uji banding antar laboratorium karantina tumbuhan tanaman pangan, hortikulura dan tanaman perkebunan;
- Pemberian saran teknik penyususunan panduan mutu laboratorium karantina tumbuhan tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan;
- Pembuatan koleksi standar OPTK tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan;
- Pelaksanaan uji coba teknik dan metode pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan dan pemusnahan media pembawa OPTK tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan;
- Pemberian pelayanan teknik kegiatan uji rujukan media pembawa OPTK tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan dan bimbingan teknik penerapan sistem mutu laboratorium karantina tumbuhan tanaman pangan, hortikultura dan tanaman perkebunan;
- Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga
Melalui Daftar Isian Proyek (DIP) Pengembangan Karantina Pertanian dan DIP Proyek Pengendalian Hama Terpadu Perkebunan Rakyat (Komponen Karantina Tumbuhan/PHTPR-KT), sarana dan prasarana berupa gedung dan peralatan laboratorium secara bertahap dapat dilengkapi untuk menunjang pelaksanaan fungsi Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan.
Pada tahun 2006 melalui Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor : 43/Permentan/Ot.140/9/2006 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Standar Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian, Organisasi Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan ditingkatkan statusnya menjadi Balai Besar dengan disatukannya laboratorium karantina hewan dan nama organisasi berubah menjadi Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian. Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian melaksanakan fungsi antara lain :
- penyusunan program, sistem informasi dan dokumentasi pelaksanaan uji standar, uji rujukan, dan bimbingan teknis penerapan syitem manajemen mutu laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan, dan keamanan hayati;
- pelaksanaan uji standar laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan, dan keamanan hayati;
- pelaksanaan uji konfirmasi hasil pemantauan hama penyakit hewan (HPH)/hama penyakit hewan karantina (HPHK), organisme pengganggu tumbuhan (OPT)/organisme pengganggu tumbuhan karantina (OPTK);
- pelaksanaan uji profisiensi dan uji banding antar laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan, dan keamanan hayati;
- pelaksanaan pembuatan koleksi standar HPH/HPHK dan OPT/OPTK;
- pelaksanaan pengembangan dan uji coba teknik dan metode pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan, dan pemusnahan HPH/HPHK dan OPT/OPTK;
- penyusunan standarisasi sumber daya manusia, metode, alat dan bahan laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan dan keamanan hayati;
- pelaksanaan validasi/verifikasi metode, alat dan bahan uji laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan dan keamanan hayati
- pemberian pelayanan uji standar, uji rujukan, dan fasilitas penyusunan bahan bimbingan teknis penerapan sistem manajemen mutu laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan dan keamanan hayati;
- pemberian bimbingan teknis, pengawasan dan pengendalian penerapan sistem manajemen mutu laboratorium karantina hewan, karantina tumbuhan, dan keamanan hayati;
- pengelolaan urusan tata usaha dan rumah tangga BBUSKP.
Setelah menjadi Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian sarana dan prasarana serta Sumber Daya Manusia terus bertambah dan semakin lebih baik dengan didukung anggaran dari DIPA (Daftar Isian Penggunaan Anggaran).
Tahun 2020 kembali ada perubahan Peraturan Menteri Pertanian dengan Nomor 47 Tahun 2020 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Badan Karantina Pertanian, tetapi dalam pelaksanaan tugas dan fungsinya tidak banyak berbeda, hanya terjadi perubahan pada struktur organisasi (manajemen) dengan pengurangan struktural baik pada layanan tekhnis maupun layanan administrasi, semula pejabat struktural ada 11 orang berubah menjadi 2 orang selebihnya menjadi jabatan fungsional
Pepatah mengatakan bangsa yang besar adalah bangsa yang mengenal sejarah dan perjalanan sejarah dalam berorganisasi tidaklah lepas dari sosok pemimpin, mereka inilah sosok pemimpin yang memberikan warna dalam pengelolaan/ penyelenggaraan pelayanan pengujian dan bimbingan teknis laboratorium pada Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian.
Nama-nama pemimpin Laboratorium Uji Standar dari mulai berdiri sampai tahun 2021 adalah:
- Ir. Dwi Putra Setiawan, MSc (Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan) 2002 – 2005
- Dr. Ir. Eliza Suryati Rusli, M.Si (Balai Uji Standar Karantina Tumbuhan) 2005 – 2007
- Dr. Ir. Catur P. Budiman, M.Agric (Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian) 2007 – 2010
- Dr. drh. Syafril Daulay, MM (Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian) 2010 – 2017
- Dr. Hermansyah, SH, MM (Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian) 2017 – 2018
- drh.Sriyanto, M.Si, Ph.D (Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian) 2018 – sekarang
